首先，灌裝溫度方面存在差異。熱灌裝通常是在高溫下進行的，飲料在灌裝時的溫度通常超過80℃，而冷灌裝則是在常溫或低溫下進行的，通常飲料在灌裝時的溫度接近室溫或稍微高一點。

其次，無菌程度方面也存在差異。熱灌裝是在高溫下進行的，可以有效地殺死大部分細菌，但并不是完全無菌。而冷灌裝則是在低溫下進行的，雖然不能殺死細菌，但可以保持低菌落數，同時通過無菌包裝和無菌環境來確保產品的無菌程度。

此外，包裝方式也存在差異。熱灌裝通常采用紙盒、紙杯、塑料杯等包裝材料，而冷灌裝則通常采用塑料袋、鋁箔袋等包裝材料。

最后，適用范圍也存在差異。熱灌裝適用于果汁、茶飲料、酸奶等產品，而冷灌裝適用于礦泉水、蘇打水等產品。

總之，熱灌裝和無菌冷灌裝在灌裝溫度、無菌程度、包裝方式和適用范圍等方面存在差異。在選擇灌裝方式時，需要根據產品特性和市場需求進行綜合考慮。