無菌飲料灌裝機的工作原理主要包括以下幾個步驟：

1. 包材的傳送和消毒：灌裝前配置多道沖瓶消毒系統，使瓶子處于高度潔凈狀態，灌注時可采用非接觸式灌裝避免交叉污染。
2. 瓶蓋的消毒：瓶蓋采用無菌水浸泡和噴沖消毒，后經過送蓋滑到無菌主機進行旋蓋。
3. 灌裝物料的殺菌：灌裝物料經超高溫瞬時殺菌后進入無菌罐后輸送到灌裝機進行灌裝。
4. 輸送管道的殺菌：輸送管道采用鏡面拋光，管接頭采用無菌管接頭，同時避免管道衛生死角，從而確保灌注物料的無菌。
5. 灌裝環境的密封隔離、空氣凈化和消毒殺菌：整機采用隔離罩密封、高效風機及無菌過濾系統來保證空間內的正壓和無菌狀態。

無菌飲料灌裝機通過一系列的消毒和殺菌措施，確保在灌裝過程中產品不受污染，從而達到無菌的要求。