無菌飲料灌裝機和普通飲料灌裝機的不同之處主要在于以下幾點：

1. 灌裝環境：無菌飲料灌裝機在無菌環境下進行灌裝，確保產品的無菌狀態，而普通飲料灌裝機則沒有這一要求。
2. 消毒和殺菌措施：無菌飲料灌裝機采用先進的消毒和殺菌技術，對包材、瓶蓋、灌裝物料以及輸送管道等進行嚴格的消毒和殺菌處理，確保產品的安全性和衛生性。而普通飲料灌裝機則沒有這么嚴格的消毒和殺菌要求。
3. 設備要求：無菌飲料灌裝機對設備的要求較高，需要采用耐腐蝕、易清洗的材料制造，同時設備的密封性、穩定性和自動化程度也要高于普通飲料灌裝機。
4. 適用范圍：無菌飲料灌裝機主要適用于需要保持產品無菌狀態的場合，如食品、醫藥等領域。而普通飲料灌裝機則適用于一般的飲料生產場合。

無菌飲料灌裝機和普通飲料灌裝機的區別主要在于灌裝環境、消毒和殺菌措施、設備要求和適用范圍等方面。